وذكروا في قتله أسباباً من أشهرها أن بعض ملوك ذلك الزمان بدمشق كان يريد أن يتزوج ببعض محارمه أو من لا يحل له تزويجها، فنهاه يحيى عليه السلام عن ذلك فبقي في نفسه منه فلما كان بينهما وبين الملك ما يحب منها إستوهبت منه دم يحيى، فوهبه لها فبعثت إليه من قتله وجاء برأسه ودمه في طست الى عندها فيقال انها هلكت من فورها وساعتها.
و قيل: بل أحبته امرأة ذلك الملك وراسلته فأبى عليها، فلما يئست منه تحيلت في أن إستوهبته من الملك، فتمنع عليها الملك ثم أجابها إلى ذلك فبعث من قتله وأحضر إليها رأسه ودمه في طست.
وكان دليلهم حديث النبي عليه الصلاة والسلام قال فيه بن كثير فى البداية والنهاية مجلد رقم 1 صفحة 497 يعنى فى الحديث هذا سياق غريب، وحديث عجيب،ورفعه منكرإنتهى كلامه. ولا يوجد حديث صحيح في مقتله والله أعلم